루프스의 10년 생존율은 70~85%를 넘는다. 대부분의 환자는 병의 재발과 호전을 반복한다. 전신성 홍반성 루프스에서는 완치는 없다. 완전한 관해 역시 드물다. 그러므로 환자와 의사는 급성 및 심각한 악화를 조절하고 비용과 부작용 면에서 수용할 수 있는 정도로 임상양상을 조절하는 노력이 필요하다. 약 25%의 루프스 환자는 통증과 피로감으로 장애를 유발할 있지만 생명을 위협하지 않는 임상양상을 보인다.

심한 양상이 나타나는 경우 대부분의 경과가 나쁜 경과를 거치게 되고 폐, 심장, 뇌, 신장 등 주요 장기의 기능부전으로 나타나고 감염과 신부전은 주된 사망원인이다. 스테로이드나 면역억제제가 루프스의 활동성 조절에 영향을 미칠 수는 있으나 절대적이지 않다. 주로 신장이나 중추신경계를 침범한 활동성 루프스는 시회감염으로 사망에 이르게 된다. 이러한 임상양상이 질병의 초기에 주로 나타나지만 어느 시기에나 항상 발생할 수 있다는 것을 명심해야 한다.