많은 경우 환자가 성장함에 따라 방광 점막하 요관의 길이가 길어지게 되어 방광요관 역류는 점차 저절로 소실되는 경향이 있다. 배뇨 중 방광 요로조영술을 1년마다 시행해 역류가 소실되는지 확인해야 하며, 항생제 치료를 해도 요로감염이 발생하는 경우나 심한 역류가 있는 경우에는 수술적 치료가 필요하다. 또한 4~5년간 항생제 치료를 해도 역류가 소실되지 않는 경우는 대부분 수술이 필요하다.

수술은 여러 가지 방법이 있으며 요관을 박리하여 방광의 다른 부분에 새롭게 위치시키고 방광 내 점막하 요관의 길이를 충분히 만들어 주는 방법으로 시행된다. 이러한 수술의 성공률은 95% 가량이다. 개복수술 외에 방광내시경을 보면서 역류가 있는 요관의 아래에 이물질을 주사하는 방법이 있는데 이것은 일반적으로 사용되지 않고 수술의 성공률도 개복술보다는 못한다. 수술 후 일부 환자에서 요관이 막히는 경우가 있는데 이는 대개 수술 부위의 부종이 원인으로 일시적인 현상이다. 또한 일시적으로 배뇨장애가 올 수 있다. 수술 후에도 역류가 지속되면 이차수술이나 방광기능의 평가가 필요할 수 있다.