관절경 검사의 합병증으로는 관절경이 들어갔던 부위의 압통과 관절 액의 증가가 약 1%에서 보고되었으나, 일시적인 현상으로 시간이 지나면 좋아진다. 이외에 가능성이 있는 합병증은 감염성 관절염, 출혈성 관절염, 비골신경 손상, 심부정맥 혈전증 등이 있으나, 이는 0.1% 이하의 확률로 매우 드물다. 검사 후 통증, 발열, 부종 등 감염의 증상이 있으면 의사에게 알려야 한다.