진단적 자궁경술의 부작용은 매우 드물고 생명을 위협하는 경우도 거의 없다. 자궁의 천공(자궁에 구멍이 뚫리는 것)이 가장 흔한 부작용이지만, 구멍은 대개 저절로 나으므로 수술이 필요하지 않다. 치료적 자궁경술의 시행 시에는 진단적 복강경술도 흔히 함께 사용하여 자궁의 안쪽 뿐만 아니라 바깥쪽도 관찰한다.

수술의 부작용은 100번 중 한번에서 두 번 꼴로 발생하며 자궁 천공이 가장 흔한 부작용이다. 다른 부작용에는 자궁을 부풀릴 때 사용하는 액체에 의한 폐부종(폐에 액체가 고이는 현상)이 있다. 호흡 곤란, 혈액 응고 이상, 체온 저하, 그리고 알레르기 반응 등도 생길 수 있다. 수술에 관련된 부작용으로는 복부 내부 기관의 손상이나 출혈이 있지만 심각하거나 생명을 위협하는 부작용은 매우 드물다.