검사를 안전하게 하기 위해서 산소를 카테타로 공급한다. 동시에 산소 농도 측정기를 귀에 부착해서 체내의 산소 농도를 계속적으로 측정한다. 기관지 내시경이 성대를 거치므로 검사 중에 기침을 많이 하거나 소리를 내면 검사 후에 목이 쉬거나 통증을 느낄 수 있다. 기침은 되도록 참도록 한다. 숨을 천천히 깊게 쉬면 기침을 줄일 수 있다. 검사 중에 특히 내시경이 기관 속에 있을 때에 숨이 답답하게 느껴질 수 있다. 그러나 산소를 충분히 공급하고 있어서 안전하므로 놀라지 말고 검사자의 지시를 따른다.